Bei regelmäßiger Meditation verbessert sich das Stressempfinden, da sich die Ausschüttung des Stresshormons Cortisol durch die Meditation verringert. Dadurch wird der Körper ruhiger, weshalb das Risiko für psychische Erkrankungen sinkt. Darüber hinaus nimmt die Masse des rechten Mandelkerns der Amygdala durch Meditation ab. Das führt dazu, dass sich Stress- und Angsterleben in erheblichem Maße reduzieren.
Meditation kann außerdem unsere Emotionen positiv beeinflussen. Bei der Meditation wird das limbische System vermehrt aktiviert, welches für die Verarbeitung von Emotionen verantwortlich und bei einer optimistischen Einstellung aktiver ist. Auch der Hippocampus wird durch eine regelmäßige Meditation gestärkt. Durch die Stressregulation und eine geringere Ausschüttung des Stresshormons Cortisol, wird die graue Substanz im Hippocampus verdichtet, wodurch sich die Emotionsregulierung verbessert.
Ist ein Mensch hingegen übermäßigem Stress ausgesetzt, verkleinert sich der Hippocampus. Dadurch kommt es zu einem emotionalen Ungleichgewicht, welches im schlimmsten Fall zu Depressionen führen kann. Interessant ist, dass Meditation in ihrer Wirksamkeit vergleichbar mit Antidepressiva und Verhaltenstherapien für die Behandlung von Depressionen ist.